Direktorat Pengendalian Pencemaran Udara terdiri atas:

1. Subdirektorat Perencanaan Perlindungan dan Pengelolaan Mutu Udara; mempunyai tugas melaksanakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria, koordinasi dan sinkronisasi pelaksanaan kebijakan, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan pelaporan di bidang perencanaan dan bina perlindungan dan pengelolaan mutu udara
2. Subdirektorat Pengendalian Sumber Pencemar Udara; mempunyai tugas melaksanakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria, koordinasi dan sinkronisasi pelaksanaan kebijakan, bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan pelaporan di bidang pengendalian sumber pencemar udara, serta pelayanan pemberian persetujuan teknis pembuangan emisi dan surat kelayakan operasional.
3. Sub Bagian Tata Usaha; mempunyai tugas melakukan pelaksanaan urusan administrasi kepegawaian, administrasi keuangan, administrasi barang milik negara, tata persuratan, kearsipan, kerumahtanggaan, koordinasi data dan informasi, serta koordinasi administrasi penerapan sistem pengendalian intern direktorat.
4. Kelompok Jabatan Fungsional.

Dalam melaksanakan tugas sehari hari, Direktorat PPU didukung sumber daya manusia berjumlah 42 orang.